《中华人民共和国土地管理法》第47条对农地征收的补偿费用列出了具体的细目，即土地补偿费、安置补助费、地上附着物补偿费和青苗补偿费。但是这些费用归谁所有，如何分配？该法并未作具体规定。倒是在《土地管理法实施条例》第27条规定：“土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。”土地补偿费之所以要归集体所有，官方的解释是：“土地补偿费是因国家征用土地对土地所有者和土地使用者对土地的投入和收益造成损失的补偿。补偿的对象包括土地所有权人和使用权人。”
那么，该如何在集体经济组织内的土地所有权人和使用权人之间分配土地补偿费？对此，法律没有一个统一的标准，因此各地规定也是大相径庭。有规定农民可以获得补偿款的，而且明确了村集体和农民的分配比例，如《山西省征收征用农民集体所有土地征地补偿费分配使用办法》第12条规定：“土地被全部征收，同时农村集体经济组织撤销建制的，土地补偿费80％分配给被征地农户；其余20％平均分配给征地补偿方案确定时，本集体经济组织依法享有土地承包经营权的成员。”
也有规定村集体是补偿的主体的，如农业部在《关于加强农村集体经济组织征地补偿费监督管理指导工作的意见》中（农经发［2005］1号）指出：“2004年以前的土地补偿费，没有分配的，仍归农村集体经济组织管理使用，原则上不得用于个人分配。”
更多地方的做法是和《土地管理法实施条例》那样，并没有直接规定土地使用权人和所有权人的分配比例。
为什么一个征地补偿费，各地各部门有着如此不同的规定？在笔者看来，农地的集体所有制是造成这些不同规定的根本原因。
从字义而言，集体是“许多人合起来的有组织的整体”，和个人相对。这个概念具有两层含义：许多人（个体）和整体（即一种有组织的存在）。因为集体是一种有组织的整体，所以构成集体的个体称为成员。作为一种所有权制度的集体如何理解呢？
有学者认为，集体所有制是一种共有，并且从其诞生过程找到了论证依据：“当初实行‘合作化’，讲的是‘入社自愿，退社自由’，入社土地的多少对收益分配有影响。这是一种典型的‘按份共有’所有权。”（参见党国英：《土地集体所有能否解释为“按份共有”》一文）
但是，历史的逻辑并不能解释现实，因为现代的集体所有制是强制性的，个人并不能“入社自由，退社自由”。按照我国的宪法和有关法律的规定，土地使用权可以流转，但土地所有权并不能够买卖。而且，在土地承包经营过程中，承包方一旦由农业户口转为非农业户口，那么其所承包的土地也将被收回。因此，以共有来解释集体所有制是不妥帖的。
事实上，共有是一种基于契约而形成的所有制形式，而农村土地集体所有制是一种基于身份而形成的所有制形式。这是共有与集体所有制更为重要的区别。无论是共同共有还是按份共有，所有人之间必须达成一致的契约。但是在集体所有制形式下，集体中的个人并不是基于契约而获得土地的使用、受益等其他权利，而是基于其作为这个集体一员的身份：这种身份有可能基于血缘（家庭成员增加）、地缘（共同居住在一个村庄）和姻缘（从一地嫁入另一地）而形成。在依据民事契约而达成的共有关系中，经所有人之间同意，共同所有人可以增加或退出。但在集体所有制下，不存在这种情况。
因为集体所有制下的所有者，并不是集体中个人的集合，而由一个抽象的机构来代表。虽然《土地管理法》中规定了集体土地的三种所有者，但在现实运作中，村民委员会往往成为集体的化身而参与管理。但是，村民委员会与村民之间存在什么样的关系，具体该如何运作？法律的规定非常模糊，只规定了村民委员会的选举，对于日常事务（比如说土地补偿费用的分配），法律上并没有明确规定村民参与的形式。这就导致了代理人（村民委员会）和被代理人（村民）之间在某种情况下的紧张关系：因为村民委员会可以在未经村民同意的情况下就处置某些集体事务。
而且，个人在集体中的法律地位是非常模糊的：他是集体中的一员，但是他不能对土地进行直接的管理和分配，只能够通过“村委会”或“村民小组”等机构来管理。在共有制度下，所有人之间可以就财产进行直接的管理和分配；在公司制度下，股东对经理层可以通过股东大会和董事会进行制约，而且股东可以转让自己的股份。而在集体所有制下，个人名义上是集体的一员，但近在咫尺的集体在很多时候却又远在天边，作为集体中的一员很难参与管理和经营决策。
集体所有制的这团迷雾导致在征地补偿款的分配上出现两种完全不同的安排：归集体组织所有和归集体经济组织成员所有。而集体在分配土地补偿金的时候，往往发生暗箱操作，从而损害失地农民的利益，因此舆论对村集体“截留土地补偿金”的做法多有诟病。很多人想当然地认为“土地补偿费”应属于失地农民，并对农村中的“截留土地补偿金”现象进行了深刻的批评。但在现有制度安排下，将土地补偿金归于村集体并无不妥，只不过由于这一制度的先天性缺陷，加之法律细节上存在缺失，一般经济集体组织成员很难参与集体经济事务，由此也就有了村集体组织的负责人将“土地补偿费”等挪为私用或者贪污等行为。正是考虑到集体所有的缺陷，《中华人民共和国物权法》中才会规定“土地补偿费等费用的使用、分配办法”必须“依照法定程序经本集体成员决定”。但是何为法定程序，相关法律中仍是不清不楚。
不过，相关人挪用甚至贪污“土地补偿费”的行为，并不能够否认村集体获得征地补偿款的合法性。此处问题的关键不在于集体是否有权获得土地补偿费，而在于集体应如何分配土地补偿费。如果集体坚持不将征地补偿款返还给村民个人，那么失地农民也就只好望洋兴叹。在现有的制度框架下，要保证失地农民获得征地补偿款，首先要做的就是完善集体组织的议事机制。如果这个议事机制没法完善，那么保护失地农民的权益也就是句空话而已。
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