一、90%为何降成2/3?
征求意见稿第十三条规定，危旧房改造需90%以上被征收人同意才能做出房屋征收决定，但补偿协议，却仅需2/3的被征收人签约就可生效。
蔡继明提出，在现实情况中，往往是补偿方案先拿出来，被征收人再根据补偿方案来决定是否同意征收。因此最初提出危旧房改造时就应同时拿出补偿方案，并且90%与2/3这两个数字应该是一致的，范围不能缩小。
此外，北京大学宪法与行政法研究中心副主任张千帆提到，危旧房改造要求被90%的征收人同意，程序要求比较严格，但其他方面的房屋征收并未有此规定，不要求多数同意，因此这项要求很可能被政府用别的名目绕开。
中国社会科学院农村发展研究所宏观室主任党国英则担忧“90%以上被征收人同意才能做出房屋征收决定”这一条在实施过程中可能会被人为拆分，为了获得90%这个数字，征收人会将整个区域划分为几块，之后采取分而治之的方式，这与制定该条例的初衷不符。
二、法院未裁定，征收为何仍进行?
征求意见稿第二十八条规定，被征收人以及与房屋征收决定有关的利害关系人对补偿决定不服的，可以依法申请行政复议，也可以依法向人民法院提起行政诉讼;在行政复议、行政诉讼期间，不停止补偿决定的执行。
这一条被与会专家们称为“霸王条款”，存在问题最大。“不管你同不同意，该征还是要征”，清华大学政治经济学研究中心主任蔡继明表示，这一规定会造成很多不良后果，会对被征收人的合法权益造成无法挽回的损失。基于公共利益征收也应符合法律程序，应在法律程序完成之后再实施征收。
美国华盛顿大学法学院农村发展研究所李平认为，这一条的实际含义就是“不停止征收的实施”，与第四十条不得违法拆迁的规定相矛盾。这一条必须修改。
三、补偿金额由谁决定?
征求意见稿第二十条规定，货币补偿的金额，以房地产市场评估价格确定。而房地产市场评估价格由具有相应资质的房地产价格评估机构确定，但不得低于房屋征收决定生效之日类似房地产的市场交易价格。此外，房地产价格评估机构由被征收人以投票、抽签等方式确定。
专家们表示，按被征收房屋的市场价来进行补偿相比，旧条例是一个很大的进步，但由房地产价格评估机构确定补偿金额能否实现真正公平，值得考虑。
耶鲁大学法学院中国法律中心研究员魏梦欣认为，房地产价格评估机构必须经过政府登记，那么机构和政府的关系可能就很密切，而且由于反复参与拆迁，并且主要由政府或者开发商付费，那么评估机构必然想跟政府搞好关系。在这种情况下，即使该机构是由被征收人选出来的，但其独立性令人怀疑。她建议，被征收人最好自己付费寻求独立的评估机构。如果双方提出的评估结果不同，就应当双方举证由法官做出最后决定。
李平则认为，补偿价格可以在评估价格的基础上，双方进行谈判决定，谈不拢时再由法院决定。这种谈判机制可以避免在评估过程中出现不公平现象。此外，政府要给予被拆迁人司法救济。
四、违法建筑该不该赔偿
征求意见稿第二十三条规定，对房屋征收范围内的违法建筑和超过批准期限的临时建筑，不予补偿，并依法拆除;对未超过批准期限的临时建筑，应当给予适当补偿。
农业部农村经济研究中心研究员廖洪乐认为，对违法建筑应该有一个明确界定，如果由于政府不作为而建立起来的“违法建筑”，是不是应该考虑按成本价给予补偿。北京新启蒙研究所公民参与立法研究中心主任熊伟也提出，现在很多“城中村”存在着村民自建的违法建筑，但盖的时候政府并未阻止。这种情况应不应该补偿，值得考虑。
党国英认为，从长期的法制建设的角度考虑，只要是违法建筑，不仅不应补偿，而且要处罚。违法建筑过程中涉及到的政府问题，可另外起诉，而不应放纵违法。
北大法学院副院长沈岿联合其他四位教授上书国务院要求修改旧拆迁条例后，两个月不到的时间里，他共收到了三百多封信件。其中有封地方拆迁办主任的信件，和沈岿发生了激烈的“交锋”。该主任在来信中说：“总的感觉是国务院法制办的草案太草率，法学家的意见不靠谱。”
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